Не простояв и года, Петербург был затоплен невскими водами. Эта беда настигала его в дальнейшем ешё не раз. В отчёте о наводнении 1777 г. сообщалось: "Суда были занесены на берег... Почти по всем улицам, даже по Невской першпективе (Невскому проспекту. - Прим, ред.), ездили на шлюпках...". Самое сильное наводнение в истории города произошло в ноябре 1824 г., когда вода поднялась более чем на четыре метра, затопив почти все улииы. Казалось, что сбывается страшное пророчество: "Петербургу быть пусту". Однако город уцелел и продолжал крепнуть.
Нева сильно выходила из берегов также в 1924 и 1955 гг. В 1978 г. для зашиты от наводнений началось строительство дамбы длиной более 25 км. Она должна, перегородив Невскую губу Финского залива, закрыть доступ в устье Невы "длинной волне", вызывающей разгул стихии.