Софья Алексеевна думала, что маневры и ученье с потешными солдатами, потехи на воде и пирушки в Немецкой слободе только отвлекают Петра от правления государством. Но она ошиблась: Петр обратил свои потехи в серьезную науку и в настоящее дело, быстро зрел для того, чтобы взять в свои руки бразды правления. Приезжая в Москву на разные торжества, в коих должны были участвовать оба царя, Петр 1, видя властолюбивые стремления сестры своей, стал давать ей чувствовать гнев свой, например, не приняв ее любимца, князя В. В. Голицына, по его возвращении из Крымского похода. Через 7 лет после своего воцарения Петр вступил даже в открытое столкновение с сестрою. 8 июля, в день Казанской Богоматери, оба царя были на обедне в Успенском соборе и должны были идти в крестном ходу в Казанский собор. Петр сказал Софье, чтобы она не ходила в этот крестный ход, но она не послушалась и взяла икону "О Тебе радуется", и пошла за крестами и хоругвями. Царь, крайне разгневанный этим, ушел в Архангельский собор, а отсюда уехал в Преображенское; Софья поняла, что ей предстоит борьба, и решила не уступать. Накануне Смоленской Божией Матери она отправилась в Новодевичий монастырь ко всенощной. Ее сопровождали пятисотенники и пятидесятники всех стрелецких полков. По окончании службы она стала жаловаться им, что царица Наталья Кирилловна затевает на нее зло, и прибавила: "Годны ли вы нам? Буде годны, то вы за нас постойте, а буде не годны, мы оставим государство". Стрельцы отвечали, что готовы исполнить ее приказание. "Ждите повестки", - сказала Софья.
7 августа Шакловитый, начальник Стрелецкого приказа, собрал стрельцов в Кремль, чтобы отсюда вести их на Преображенское, поджечь его и убить Петра с его семейством. Но семеро стрельцов решились известить об этом Петра. Двое из них, Мельнов и Ладогин, около полуночи разбудили его страшною вестью. Петр вскочил с постели, неодетый сел на коня и ускакал в ближайший лес, куда принесли ему одежду. Отсюда со страшной быстротой уехал он в Троицкую лавру, куда прибыл в таком изнеможении, что его сняли с коня и положили в постель. Сюда прибыло царское семейство, стали собираться служилые люди и прибыл оставшийся верным Петру стрелецкий полк Лаврентия Сухарева. В честь этого полка царь построил Сухареву башню у Сретенских ворот Земляного города, где полк имел свое пребывание; его полковою церковью был храм Св. Троицы на Листах. Следующая летопись о построении сего памятника высечена на двух каменных досках, вставленных над воротами с южной стороны: "Повелением благочестивейших, тишайших, самодержавнейших великих государей, царей и великих князей Иоанна Алексеевича и Петра Алексеевича, всея Вели-кия, и Малыя, и Белыя России самодержцев, по стрелецкому приказу, при сиденьи в том приказе Ивана Борисовича Троекурова, построены во втором стрелецком полку, по Земляному городу, Сретенския ворота, а над теми вороты палаты и шатер с часами, да каменный амбар, а позади ворот, к Новой Мещанской слободе часовня с кельями к Николаевскому монастырю, что на Перерве; а начато то строение строить в лето 7200 (1692), а совершено 7203 (1695), а в то время будущаго у того полка стольника полковника Лаврентья Панкратьева сына Сухарева". Таким образом, в 1895 году Сухаревой башне исполнилось ровно двести лет. Другим памятником в Москве этого доблестного полка являются хранящиеся в Оружейной палате два знамени его. На одном из них изображен Всемилостивый Спас с припавшими к Его стопам св. Николаем и преп. Сергием, и образ Знамения с четырьмя московскими святителями; на другой - Покров Богородицы. Вышина Сухаревой башни 30 саженей. С нею связано много любопытных преданий Петровского времени. Здесь часто бывал Петр для совещания со своими сотрудниками и поместил колыбель Русского флота - адмиралтейское управление и первую навигацкую (мореходную) школу, родоначальницу высшего морского училища в Петербурге. На Сухаревой башне находилась обсерватория, с коей по поручению Петра наблюдали солнечное затмение и делали с него рисунок. Сюда был перенесен с Ивановской колокольни громадный глобус, подаренный Голландскими штатами царю Алексею Михайловичу. Здесь жил знаменитый ученый и составитель прославленного календаря Яков Брюс, которого народ считал чернокнижником. В рапирной (фехтовальной) зале Сухаревой башни, по преданию, происходили тайные заседания какого-то Нептунова общества, очевидно, имевшего мореходные цели; там председательствовал Лефорт, портрет коего воспроизводим со старинного оригинала. Сам царь был первым надзирателем, а архиепископ Феофан Прокопович оратором этого общества. Первый адмирал флота Апраксин, а также Брюс, Фергюсон (Фармазон), князь Черкасский, Голицын, Меншиков, Шереметев и другие близкие к государю люди были членами этого общества, похожего на масонское. История и предание скрыли от нас происхождение и цель этой тайной думы; но в народе долго ходила молва, будто на башне хранилась черная книга, которую сторожили 12 духов и которая была заложена в стену и заколочена алтынными гвоздями. По другому преданию в восточную стену рапирной залы была замурована чугунная доска с правилами и именами членов Нептунова общества. Одним из учителей мореходной школы на Сухаревой башне был Леонтий Магницкий, составивший арифметику, напечатанную изобретенным Петром новым гражданским шрифтом и арабскими цифрами. Русский математик придает особое значение своему труду и выражается о нем в стихах:
Зане разум весь собрал и чин
Природный русский, не немчин*.
В Сухаревой башне происходили и театральные представления. Здесь же хранился маскарадный кораблик с восемью медными пушечками, который возили в торжественных процессиях по Москве то на санях, то на колесах. Но возвратимся назад.
На другой же день по своем приезде в Троицкую лавру Петр послал к Софье запрос, для чего был сделан ночью 7 августа сбор стрельцов в Кремле. Ответ был получен - "для богомолья царевны". Тогда государь потребовал к себе из Москвы полковника Циклера и 50 стрельцов. Он с товарищами и многими другими лицами открыл замыслы царевны и стрельцам наказы. Видя, что к Петру стекается все более народа, Софья думала помириться с братом при помощи посланного к Троице патриарха. Но он, прочитав показания об умыслах царевны, перешел на сторону Петра. Когда же в Москве были получены его грамоты стрельцам и народу идти к Троице на защиту царя, а ряды приверженцев царевны все редели, тогда она сама решилась ехать к брату, но перед Троицей, в селе Воздвиженском, получила приказ не ехать туда, иначе "с нею нечестно поступлено будет". Когда она возвратилась в Москву, к ней пришло требование выдать Шакловитого, монаха Сильвестра Медведева и их сообщников. Шакловитый с некоторыми стрельцами был казнен. Медведев же был сначала посажен в заключение и только впоследствии, когда явились новые против него улики, был казнен; князь В. В. Голицын отправлен в заточение; сама Софья Алексеевна заключена в Новодевичий монастырь, где впоследствии была насильственно пострижена, под именем Сусанны.
С 1689 года начинается правление Петра, в которое не вмешивается его слабый брат Иоанн, умерший двести лет тому назад, в 1696 году. В течение шести недель над его гробом в Архангельском соборе денно и нощно стояли бояре, окольничьи, думные люди, стольники и т. д.
Но молодой царь еще мало занимался государственными делами, продолжая предаваться своим сухопутным и водяным учебным потехам. Еще летом 1684 года, когда царю было всего 12 лет, он недалеко от отцовского двора, в Преображенском, построил потешную крепостцу, которая была названа Пресбургом, или Прешпуром.