Новый Монастырский приказ отдан в заведование боярину И. А. Мусину-Пушкину. Перемена эта после повела к учреждению Коллегии духовных дел, или Св. Синода. Отмена же патриаршества сказалась в Москве прекращением многих величавых обрядов, начиная с шествия в Вербное воскресенье на осляти, действа Страшного суда на Ивановской площади, в неделю мясопустную, пещного действа и т.п. Начавшаяся огромная война, до Полтавской битвы, затормозила несколько преобразования, но все же они шли понемногу: множились ассамблеи, где собирались мужчины и женщины для различных увеселений на западный лад, чем кончалось теремное затворничество женщин; было запрещено венчать без согласия брачующихся и ранее 6 недель после обручения. В Москве появляются новые лавки для продажи иноземного платья, а также открытая продажа недавно еще запрещенного табака; начинаются маскарадные комические процессии, в коих князь Ромодановский ездит, наряженный в царскую одежду, а дьяк Зотов - папой, или патриархом, пресбургским, заяузским и всего Кокуя (Немецкой слободы). Вводится невиданная в Москве гербовая или орленая бумага, учреждается орден Андрея Первозванного. В 1703 году, когда был основан Петербург, в типографии на Никольской по указу царя печатают первую на Руси газету, или Ведомости, в 1000 экземпляров. Ведомости печатались церковным шрифтом и составлялись при участии самого государя, который правил первый лист этого периодического издания, хранящийся доныне в Синодальной типографии. Вскоре после этого царь со справщиком Федором Поликарповым принимается в Москве за изобретение нового гражданско-русского шрифта, который знаменует новую эпоху в нашей печати, отличную от прежней церковно-славянской. Окончив это изобретение, царь заказал новый шрифт в Голландии и, получив его оттуда, много раз исправлял его. Памятником этого нововведения Петра в Москве, по делам печати, хранится в Синодальной типографии первый станок, печатавший указы и другие произведения новым гражданским шрифтом. Общество любителей древней письменности издало fac-simile корректуру первой гражданской азбуки Петра Великого.
Но основание Петром новой столицы Петербурга было громадным по своим последствиям переворотом в жизни Москвы.
Сам Петр Великий с большим вниманием относился к вдовствующей столице. И это было не только тогда, когда вторгшийся в пределы России шведский король решился двинуться на самую Москву и здесь продиктовать нам мир. В эту нору, опустошив дороги к древней столице, Петр стал укреплять ее и надзор за устройством артиллерийских фортеций поручил царевичу Алексею. Не довольствуясь этим, он в страдную пору Великой Северной войны урвал время лично посетить родимый город и поднять дух москвичей, встревоженных ожидаемым нашествием. В это время вокруг Кремля и Китай-города строились укрепления, а на Балкане на литейном заводе деятельно отливались пушки, и здесь же при пробах грохотали, от чего произошло и название "Грохольской улицы".
Полтавская победа, 27 июня 1709 года, дала царю особые побуждения поделиться радостью по случаю этой "великой виктории" именно со своими земляками в древнепрестольной столице. Ибо перед Полтавской битвой Петру стало известно, что горячий Карл XII уже назначил шведского генерал-губернатора Москвы и думает здесь произвести раздел России с восстановлением в ней удельных княжеств, о чем через 100 лет думал также Наполеон 1. Об этих планах шведа царь счел нужным перед битвой осведомить своих генералов.
Этим объясняется, почему именно он с выдающимся триумфом в декабре этого года вступил в Москву в сопровождении гвардии, армии и пяти с половиной тысяч пленных шведов, с их фельдмаршалом Реншельдом и с первым министром Пипером во главе. Бояре и другие москвичи построили 7 великолепных триумфальных арок, украшенных всевозможными эмблемами и аллегорическими картинами. По пути триумфального шествия расставлены были оркестры музыки и хоры певчих, прославлявшие победителя. Перед домами стояли их владельцы с хлебом, солью и вином, которым угощали самого Петра и его сподвижников. Целых две недели продолжались празднества с обедами, фейерверками и угощениями войска и народа. Перед началом этих празднеств в Москве родилась царевна Елизавета Петровна.
В 1712 году царская семья окончательно переселилась из Москвы в Петербург, и с этого времени по приказу государя в церквах на ектеньях стали возглашать моления "о царствующем граде С.-Петербурге". В 1714 году в новую столицу были переведены сенат и приказы, преобразованные там в коллегии с 1712 года.
Правда, с этого времени Москва, сильно погоревшая, перестает застраиваться каменными зданиями, потому что, ради скорейшей застройки Петербурга, во всей России запрещены были каменные постройки, и в новую столицу отовсюду стягивались каменщики. Но это отнюдь не значит, что Петр совсем забыл про Москву.
Он строил здесь храмы, как, например, Св. Николая на Мясницкой, Иоанна Воина на Якиманке, Пресв. Троицы на Капельках, на 1-ой Мещанской, Петра и Павла на Басманной. Две первые церкви были построены по планам самого Петра, а третья на пожертвование царицы Екатерины Алексеевны; на четвертую же сам Петр пожертвовал 2 тысячи рублей.
В 1722 году, по окончании Великой Северной войны, заключении Ништадтского мира и принятии императорского титула, Петр 1 прибыл в Москву и еще торжественнее, чем после победы под Полтавой, отпраздновал здесь блистательные успехи своего царствования. Устраивались балы, маскарады, обеды и даже потешная прогулка по Москве флота (на колеса ставились с поднятыми парусами суда, оснащенные по-корабельному, и их возили по улицам на удивление народа). Во главе этой процессии ехал в лодке князь-кесарь Ромодановский, в мантии, подбитой горностаем. Спереди и сзади на лодке поставлены были медведи (чучела). Неподалеку от этой лодки шесть живых медведей везли сани, а ими правил человек, искусно наряженный тоже медведем.