Патриарх вынужден был уступить, но высказал свои требования -чтобы королевич Владислав венчался по православному обряду и принял православие. Во главе посольства, отправившегося в Польшу, стояли митрополит Филарет, "муж духовный и многорассуд-ный", князь Василий Васильевич Голицын, "муж великого рассуждения и изящный, в посольственных уставах искусный". Но король Сигизмунд медлил дать послам решительный ответ, держа их в своем стане под Смоленском как пленников. Тем временем король отдал приказ польским войскам занять Москву. Поляки начали хозяйничать в столице. Оказалось, что русские снова попали в ловушку. И вновь патриарх Гермоген возвысил голос и стал призывать русских бояр и воинов к борьбе за освобождение.
Автор "Новой повести о преславном российском царстве" пишет: "Еще более почтим да подивимся пастырю нашему и учителю, и великому отцам отцу, и святителю! (имя же его всем ведомо). Словно столп непоколебимо стоит он среди нашей великой земли, посреди нашего великого государства, и православную веру
защищает, а всех душепагубных наших волков и губителей увещевает. И стоит один против всех них, как муж-исполин, без оружия и без воинского ополчения, только учение, как палицу, держа в своей руке против великих агарянских полчищ и побеждая всех. Так и он, государь, вместо оружия, только словом Божиим всем врагам нашим затворяет уста и, в лицо их посрамляя, ни с чем отсылает от себя. А нас всех укрепляет, и поучает устрашения их угроз не бояться и душами своими от Бога не отступаться, а стоять бы крепко и единодушно за дарованную нам Христом веру и за свои души ...
...Во всеуслышание и решительно следует сказать: если бы таких великих, стойких и непоколебимых столпов у нас было немало, то никогда бы в нынешнее злосчастное время наша бы святая и непорочная вера от всех душепагубных волков, от явных врагов, чужих и своих, не пала, но еще более бы просияла, а великое бы наше море без колыхания и волнения стояло. А ныне один уединенно стоит и всех держит, а врагам сурово грозит. И иному некому пособить ни словом, ни делом: кроме Бога, Пречистой Его Матери и великих чудотворцев никаких других пособников не имеет. Те же, кто были и его сынами и богомольцами и принадлежат тому же духовному сану, - те славою мира сего тленного пленились, проще сказать, подавились, и на сторону врагов склонились, и творят их волю".
11 декабря 1611 года погиб второй самозванец. Гонсевский, польский воевода, стоявший во главе польских войск в Москве, а также бояре Салтыков, Масальский и Андронов написали королю "вверяющие грамоты" с повторную просьбой дать королевича Владислава в цари. Когда патриарху Гермогену предложили подписать эти грамоты, он с негодованием отверг это предложение. Сохранился и письменный ответ патриарха: "В том случае стану писать королю грамоты и руку свою приложу и властям всем повелю руки свои приложить и вас благословлю писать, если король даст сына своего на Московское государство и крестит в православную христианскую веру, и литовских людей из Москвы выведет, и вас Бог благословляет такие грамоты писать и королю посылать. А если вы будете писать такие грамоты, что во всем вам положиться на королевскую волю и послам о том королю бить челом и клясться на его волю, и то ведомое стало дело, что нам целовать крест самому королю, а не королевичу, то вот таких грамот не только что мне руку не приложить, но и вам не благословляю писать, но проклинаю, кто такие грамоты учит писать". Когда Салтыков увидел, что их замысел не удался и патриарх разгадал его, он в раздражении поднял на него нож, словно желая его зарезать. Но патриарх спокойно перекрестился и ответил: "Это крестное знамение против твоего окаянного ножа. Да будешь ты проклят в этом веке и в будущем".
После этого столкновения с боярами патриарх Гермоген понял, что опору необходимо искать среди тех, кто еще оставался верным своему отечеству. Встречаясь с верными людьми, которые приезжали в Москву, а также в своих посланиях патриарх рисовал картины польского разгула в русской столице и призывал русских людей встать на защиту отечества. Свои послания он также рассылал через епархиальных архиереев и верных ему "протопопов, попов и диаконов". Одна из таких патриарших грамот, рисовавшая тяжелое положение осажденных смолян и бесчинства захватчиков в русской столице, попала в Нижний Новгород и произвела на жителей неизгладимое впечатление. Козьма Минин, "от христианского народа муж, рода не славного, но человек мудрый", произнес патриотическую речь перед согражданами.
Быстро было собрано нижегородское ополчение под предводительством князя Дмитрия Пожарского и направилось к Москве. По дороге к ним присоединились казанцы, неся перед собой, по указанию Гермогена, список с чудотворной иконы Казанской Божией Матери. Эти полки привлекали ополчения и из других русских городов: Ярославля, Владимира, Костромы. К ним присоединились позже полки Прокопия Ляпунова и Заруцкого. Вскоре Москву, захваченную поляками, обложила рать более чем в сто тысяч человек. Изменники из русских, бояр и поляки пришли к патриарху Гермогену и стали угрожать ему расправой, если он не обратится к полкам, осадившим Москву, с призывом разойтись по домам. Патриарх бесстрашно ответил: "Что вы мне угрожаете? Одного Бога боюсь. Если вы и все литовские люди уйдут из Москвы, тогда благословлю войска отойти прочь, а если останетесь в Московском государстве, тогда я их всех благословляю против вас стоять и умереть за православную христианскую веру".
Тогда бояре постановили взять патриарха под надзор. У него отняли письменные принадлежности и лишили возможности общаться с людьми. Был разграблен патриарший двор, а все слуги взяты в заключение. Сам патриарх был заключен на подворье Кирилле-Белозерского монастыря в Кремле. Здесь он был постепенно уморен голодной смертью. Патриарх скончался 17 января 1612 года. В стане русских войск под Москвой начались раздоры. Прокопий Ляпунов был убит. Казачий вождь Заруцкий поднял опять знамя самозванчества, провозгласив царем сына Лжедмитрия 1 и Марины Мнишек. Но дело патриарха Гермогена не умерло. Борьбу за освобождение отечества продолжили его последователи -архимандрит Дионисий, настоятель Троице-Сергиевской лавры, и Авраамий Палицын, ее келарь. Они рассылали патриотические послания по всей России. 22 октября 1612 года был взят Китай-город, а осажденный Кремль сдался месяц спустя. С этих пор празднуется Русской Православной Церковью праздник иконы Казанской Божией Матери - 22 октября, в память освобождения Москвы от иноземных захватчиков.
Насильственная смерть от рук изменников бояр и польских захватчиков патриарха Гермогена сумела поднять дух русских людей. Шло освобождение России и восстановление русской государственности. Спустя год после смерти патриарха был избран собором на царский престол Михаил Романов. А спустя восемь лет, когда вернулся из польского плена его отец, митрополит Ростовский Филарет, было восстановлено и патриаршество. Подвиг патриарха Гермогена, его мужественное противостояние насилию и измене стали образцом для подражания. Тело его было торжественно погребено в Чудовом монастыре в Кремле. В 1913 году, когда праздновалось трехсотлетие дома Романовых, был причислен клику святых патриарх Гермоген. Несмотря на столь позднюю канонизацию, память о его подвиге всегда жила в сердцах русских людей. И до наших дней он являет собой образец "пастыря доброго, который полагает душу свою за овец своих".